Dr. Rüstem Eyüboğlu tarafından kurulan Eyüboğlu Eğitim Kurumları, eğitim dünyasına 1970 yılında “Arı Dershanesi” olarak adım atmış, 1985 yılında Dr. Eyüboğlu’nun eğitim hizmetine orta öğretim alanında devam etme amacı doğrultusunda “Eyüboğlu Lisesi” kurulmuştur. 1985 yılında öğretime başlayan okul, 1988 yılında Çamlıca’da kurulan yaklaşık 33 dönümlük kampüse taşınmıştır.
1993 yılında Eyüboğlu Fen Lisesi kurulmuş ve Kampus genişleyerek eğitim olanakları 500 kişilik tiyatro salonu ve laboratuvarların bulunduğu Eyüboğlu Hall binası, ve yaklaşık 83.000 cilt Türkçe, İngilizce, Almanca, Fransızca, İtalyanca ve İspanyolca kitap ve kaynak içeren Eyüboğlu Merkez Kütüphanesi ile zenginleşmiştir.
1997 yılında Eyüboğlu Fen Lisesi yeni binasına geçmiş ve aynı yıl Türkiye’de ortaöğretim kurumları arasındaki ilk ve tek Gözlemevi/Uzay Araştırmaları Laboratuvarı, hizmete girmiştir. 2000 yılında özellikle ilköğretim öğrenci ve velilerinin talepleriyle II. Gözlemevi yapılmıştır.
1998 yılında kampüste Eyüboğlu Çamlıca İlköğretim Okulu ve Açık Spor Alanları 9. Cumhurbaşkanı Sayın Süleyman Demirel tarafından açılarak öğretime başlamıştır.
2002 yılında yapımı tamamlanan Eyüboğlu Spor ve Sanat Kompleksi’nde, yarı olimpik yüzme havuzu, iki adet kapalı spor salonu, okçuluk çalışma pisti, koşu pisti, drama-tiyatro, koro-müzik çalışma salonları, halk oyunları salonu, bale-step salonu, modern dans salonu, görsel sanatlar atölyeleri ve çok amaçlı salonların yanı sıra, kafeterya ve okul radyosu bulunmaktadır. Kompleks, teknolojinin sağladığı tüm olanaklarına sahiptir.
Okul öncesi eğitimin giderek artan önemi doğrultusunda, 2004-2005 öğretim yılında Eyüboğlu Koşuyolu Anaokulu ve 2005-2006 öğretim yılında da Eyüboğlu Erenköy Anaokulu, öğretime başlamıştır.
2006-2007 öğretim yılında açılan Eyüboğlu Ataşehir İlköğretim Okulu Ataşehir’de, 2007-2008 öğretim yılında açılan Eyüboğlu Anaokulu ise Sabancı Üniversitesi Kampüsü’nde öğretime başlamıştır.
2008 yılının Mart ayında Eyüboğlu Kemerburgaz Anaokulu ve İlköğretim Okulu’nun açılışı yapılmıştır.
2009-2010 öğretim yılında açılan Eyüboğlu Batı Ataşehir Anaokulu ile Kurum bünyesinde hizmet veren okul sayısı 3 ilköğretim, 5 anaokulu, 2 lise olmak üzere 10’a yükselmiştir.